总后勤部颁发的《围巾厂家会计核算管理办法》要求，大力推进医院成本核算制度改革，改善医院财务运行体制，提升医院财务运行效率。围巾厂家会计核算科目、作业流程的变化必定影响医院会计信息系统各个组成要素，为满足医院财务部门对会计信息系统内部控制的特殊要求，对会计核算内部控制目标、控制层次、控制流程、控制措施进行梳理和探讨成为会计核算改革过程中极为重要的基础性环节。

围巾厂家会计信息系统内部控制目标，应根据医院医疗、科研、教学等活动的特点和管理要求进行提炼，具体包括以下三个方面：一是合法性目标，严格贯彻执行国家、军队相关法律规定。二是可靠性目标，内部控制制度科学合理、会计信息真实可靠、资产安全完整、医疗业务活动有序运行。三是效率性目标，会计信息及时有用、经济效益稳步提高、管理活动高效。

系统宏观控制医院提出系统运行目标，从宏观角度指明网络环境下医院会计信息系统内部控制的方针、政策和基本原则。

系统中观控制医院财务部门负责贯彻执行医院有关会计信息系统的内部控制方针、政策和原则，并对日常会计信息系统运行进行统筹管理。系统设计控制医院信息维护部门根据医院实际情况没计系统总体方案，对应用程序的详细没计和文档编制工作进行控制。

程序开发控制医院信息维护部门对具体应用程序实施控制，对会计信息系统计算机程序的最初质量进行把关。数据管理控制医院财务部门对财务数据和应用系统文档资料进行统一控制，保证会计信息真实可靠，防止舞弊行为发生。日常应用控制医院信息维护部门对网络系统、计算机业务流程和硬件设备维护等控制，同时还需要对系统操作人员进行监督，防止出现越权操作。